土地确权证发下来了，有纠纷双方可以协商处理，或者请求村民委员会、乡镇人民政府调解解决，当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向辖区仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。
法律依据：《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
土地确权证发下来了有纠纷的起诉状如下写;
1.原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务、联系方式；
2.被告的姓名、性别、工作单位、住所等信息，法人或者其他组织的名称、住所等信息；
3.诉讼请求和所根据的事实与理由；
4.证据和证据来源，证人姓名和住所。
提醒您，土地确权使用证丢失，补办流程如下：
1.要对遗失或者丢失的确权证进行公告。声明确权证已丢失，那么此后发生的任何与该确权证发生的业务均属于没有法律效力的。具体公告方式可以选择当地的门户网站、报纸或者电视等；
2.要写好补办确权证的申请书，确认需要补办，带好身份证或者户口本，服务中心会给予你相应的资料，进行填写后，交由服务中心人员审核；
3.申请补办资料填写完成后，工作人员审核完成后，一般会在7天内办结完成。
