非法占地由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。违法建筑由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》第八十二条
擅自将农民集体所有的土地通过出让、转让使用权或者出租等方式用于非农业建设，或者违反本法规定，将集体经营性建设用地通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
第七十四条买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门没收违法所得;对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施;可以并处罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
提醒，非法占用农用地罪的立案标准如下：
1.非法占用并毁坏防护林地、特种用途林地数量分别或合计达五亩以上；
2.非法占用并毁坏其他林地数量达到十亩以上；
3.非法占用其他林地十亩以上的；
4.非法占用其他农用地数量较大的情形。
非法占用农用地罪的惩罚如下：
非法占用农用地罪的处罚是五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第三百四十二条
违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
