1.特许经营和连锁经营的定义不同
连锁经营的核心是同一资本所有，经营同类商品和服务，由同一个总部集中管理领导，共同进行经营活动的组织化的零售企业集团。
2.特许经营和连锁经营的特点不同
特许经营的核心是特许权的转让，特许人(总部)是转让方，受许人(分支店)是接受方。特许体系是通过特许人与受许人一对一签订特许合同而形成的，各个分支店之间没有关系。而在连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体事务均有决定权。分店需将营业利润按总部要求上缴，分店经理是总部的一名雇员，完全按总部意志行事。
3.特许经营和连锁经营的范围不同
连锁经营的范围仅限于流通业和服务业，不涉及制造业;而特许经营的范围则宽广的多，在制造业中也有大量实例。
4 .特许经营和连锁经营所包含的法律关系不同
在特许经营中，特许人和受许人之间的关系是合同双方当事人的关系，双方的权利和义务在合同条款中有明确的规定。而连锁经营中不涉及这种合同(分店经理与总部的雇佣合同则另当别论)，总部和分店之间由公司内部的管理规则调整关系。
5 .特许经营和连锁经营的运作方式不同
特许经营业务开展的基础是一整套经营模式或某项独特的商品、商标。特许人把这些东西以特许权组合的形式转让给受许人，有了它受许人就可以独立开展业务。特许组织的建立也是以开发出上述各项为基础的。而连锁经营则不需要这些内容。连锁经营实际上只需足够的资金和合适的业务类型就可以进行。当然，对于连锁经营来说，充足的经营管理经验和方法对于其成功是至关重要的。
6 .特许经营和连锁经营的发展方式不同
特许经营通过吸收独立的商人加入而扩大体系。在这过程中，特许人需进行大量的营销工作吸引潜在的受许人，还需进行选择受许人的工作，并为受许人提供培训等各种服务。而连锁经营欲扩大其体系，则只需进行市场调查，选择合适的地点，并筹集到足够的资金就可以了。
